為了保證設備的正常運行，醫院應制定層流手術室設備運行管理制度。設專人每天檢查控制板上空調顯示數據，定期檢測空調系統運行情況，嚴格遵守管理規范，做好維護保養工作。

層流手術室急診手術間的送風系統，應24小時維持在低速運行狀態，以保證手術室恒溫、恒濕和潔凈度。其他手術間可根據實際情況，在手術前1小時將層流打開維持低速運行狀態，手術前30～40分鐘調至高速運行。

對長時間沒有使用的手術間，啟用時應首先清潔送風口濾網，并至少提前3小時開機運行，以達到層流手術室空氣潔凈度要求。適宜的溫度、濕度使術者心情穩定，也有利于患者術后傷口的愈合。室溫過高，工作人員容易出汗，影響操作并可能增加感染的機會；室溫過低，患者易發生低溫功能障礙影響術后恢復。

據相關資料介紹：相對濕度低于50%，可能產生靜電火花；濕度過高，超過60%以上時，空氣培養即可出現真菌生長繁殖。因此應按規定將手術室內溫度控制在22～25℃，濕度控制在40％～60％之間。冬季因空調影響，需要適當加濕，對溫度濕度的調控應該更加注意。層流手術室在運行過程中的安全管理工作，是重點。手術室的消防器材、安全通道要設臵醒目的標志，工作人員要熟悉其位臵和使用方法。